바리새인이자 산헤드린 공의회 회원인 니고데모는 예수님을 찾아옵니다. 그는 당시 사회에서 인정받는 종교 정치 지도자였으며 예수님에게 관심을 가지고 있었습니다. 그가 밤에 예수님을 찾아온 것은 자기의 사회적 위치를 생각하여 사람들의 시선을 의식해서였을 것입니다. 그는 율법에 정통한 학자였지만 영생과 하나님의 나라에 대해서는 알지 못했습니다.

‘물과 성령으로 난다’는 표현은 사람이 위로부터 새롭게 다시 태어나는 방식을 정의해 줍니다. 물과 성령으로 난다는 것은 새로운 복음의 시대를 맞아, 정결과 생명으로 거듭남을 말합니다. 그러므로 예수님을 믿는 자는 회개하여 깨끗함을 받고 성령에 의해 새로운 피조물이 되며 그리스도의 생명이 그 안에 거하게 됩니다.

하늘에서 내려온 자 외에는 하늘에 올라간 자가 없다는 것은 인자가 하나님의 주권적인 의지로 성육신하셨음을 의미합니다. 십자가에서 죽으시고 부활 승천하신 것 역시 하나님의 뜻으로 된 것이므로 사람이 이해할 수 없는 신비스러운 ‘하늘의, 일’이라는 점을 강조하고 있습니다(요 3:12)

‘영생’ 즉 ‘영원한 생명’은 하나님께 속하는 절대적인 완전한 생명이며, 하나님을 통하여 그리스도께 소속되는 절대적인 완전한 생명을 뜻합니다. 이성이나 노력으로 얻는 것이 아니라 전적인 하나님의 은사로 말미암아 그리스도의 죽음과 부활을 통하여 얻는 것입니다. 영생을 소유하게 된다는 의미는 죄로 인하여 단절된 하나님과의 관계가 회복되어 영원한 친교에 들어간다는 것을 의미합니다.